Marnix van der Meer studeerde aan de Hogeschool van Utrecht en de Academie van Bouwkunst in Amsterdam. Hij werkte tussen 1996 en 2002 bij Meyer en Van Schooten en richtte samen met Rolf Bruggink in 2002 Zecc Architecten op. Met Bruggink werkte hij onder andere aan De Zwarte Parel.
Vanaf 2012 vormt Marnix van der Meer samen met Bart Kellerhuis en Steven Nobel de directie van Zecc. Het bureau is bekend van diverse transformatieprojecten zoals De woonwatertoren te Soest, het Drents Archief te Assen en het Energieneutraal monument te Driebergen.

Marnix van der Meer is actief als gastdocent op de Academie van Bouwkunst en jureert bij prijzen en prijsvragen (BNA gebouw van het jaar 2012, Archiprix 2013). Verder is hij lid van de welstandscommissie in ’s Hertogenbosch.